Pierwszy raz papież odwiedził Wadowice 7 czerwca 1979 roku. Ojciec Święty przybył tu z Kalwarii Zebrzydowskiej. Powitał go ówczesny proboszcz parafii Ofiarowania NMP ks. Edward Zacher.

Podczas wizyty Jan Paweł II modlił się w świątyni przed Najświętszym Sakramentem. Ucałował również chrzcielnicę, przy której został ochrzczony.

Na rynku przed kościołem owacyjnie witały go tysiące wadowiczan. Powiedział wówczas do nich: "Z wielkim wzruszeniem przybywam dzisiaj do tego miasta, w którym się urodziłem - do parafii, w której zostałem ochrzczony i przyjęty do wspólnoty Kościoła Chrystusowego - do środowiska, z którym związałem się przez osiemnaście lat mojego życia, od urodzenia do matury. Kiedy patrzę na ten rynek, to prawie każdy szczegół łączy się tu dla mnie ze wspomnieniem najwcześniejszego okresu życia."

Druga wizyta w Wadowicach odbyła się 14 sierpnia 1991 roku. podczas czwartej pielgrzymki do kraju. W jej trakcie papież konsekrował kościół pw. Piotra Apostoła, wybudowany jako wotum dziękczynne za powołanie Karola Wojtyły na Stolicę Piotrową o ocalenie jego życia z zamachu 13 maja 1981 r.

W nowym kościele odprawił mszę św. i wygłosił homilię, której mottem były słowa wyznania Piotra z ewangelii św. Mateusza: "Tyś jest Mesjasz, syn Boga żywego". Na placu przed świątynią zgromadziły się tysiące wiernych.

Papież powiedział do wiernych m.in.: "Jako wasz rodak, wadowiczanin z urodzenia, a zarazem sługa Kościoła Powszechnego na Stolicy Piotrowej w Rzymie, życzę wam, by w tej waszej nowej świątyni rozbrzmiewały wciąż słowa Piotrowego wyznania +Tyś jest Mesjasz, syn Boga żywego+. Życzę, aby te słowa rozbrzmiewały tutaj z pokolenia na pokolenie, zawsze z taką samą zbawczą mocą, jak rozbrzmiewają od dwóch tysiącleci."(PAP)